长崎拥有多所高等教育机构，其中包括著名的大学，如下所述：

长崎大学（Nagasaki University）

类型：国立大学

成立时间：1949年

地址：长崎县长崎市

特点：日本一流研究型国立大学之一，医学部是旧制六大医科大学之一。

历史：由长崎医科大学等多所学府合并而成，是日本历史最悠久的公立医学校之一。

排名：在2024年QS世界大学排名中位于第801-850位，日本排名第20位。

长崎外国语大学（Nagasaki University of Foreign Studies）

类型：私立大学

成立时间：1945年

地址：长崎县长崎市

特点：日本全国仅有的8所以外国语大学命名的大学之一。

学生构成：留学生占30%，其中中国人占留学生的60-80%。

长崎综合科学大学（Nagasaki Institute of Applied Science）

类型：私立大学

成立时间：1942年

地址：长崎县长崎市

特点：理工科专业排名全国第33位，私立大学中排名第8位。

教育：提供别科、学部（本科）、硕士、博士等课程。

长崎县立大学（Nagasaki Prefectural University）

类型：公立大学

成立时间：1901年

地址：长崎县长崎市

特点：拥有超过百年历史的日本公立大学，信息媒体学和营养看护学专业就业率高。