日本留学中介费用通常在1万元人民币左右，这一费用涵盖了申请过程中所需的各项服务，如学校选择、材料准备、签证申请等。除此之外，可能还会有境外服务费，通常在3万元人民币左右。因此，总体来看，日本留学的总中介费用可能高达4万元人民币左右。

需要注意的是，这些费用可能因中介公司、服务项目、地区差异等因素有所不同。建议在选择留学中介服务时，详细了解服务内容和费用构成，并比较不同中介公司的报价和服务质量，以作出最适合自己的选择