日本留学证件的办理流程通常包括以下几个步骤：

确定学校和专业

选择合适的日本学校和专业。

准备申请材料

收集学历证明、成绩单、语言成绩单、推荐信、研究计划书等。

将所有材料翻译成日文或英文，并按照学校要求准备。

递交申请与面试

向学校提交申请材料，部分学校可能要求面试。

等待录取通知

提交申请后，等待学校的录取通知。

申请在留资格认定证明书

获得录取后，由学校向日本入国管理局申请在留资格认定证明书。

办理留学签证

持在留资格认定证明书及其他必要材料，向日本驻华使领馆申请留学签证。

在留卡

在日本机场入境后，凭借护照、签证及在留资格证明书，在入境审查官处领取在留卡。

资格外活动许可 （如有需要）：

如在日本打工，需要申请资格外活动许可。

居住地的申报

在日本居住超过三个月以上的外国人，需要向市区町村提交住址申报。

国民健康保险

在日本停留超过三个月，需要办理国民健康保险。

请注意，以上步骤可能因具体情况而有所不同，建议提前与学校或相关机构确认具体要求和提交时间。