日本留学需要准备以下证件：

护照：

前往日本学习的学生需要持有有效的护照。

签证：

根据学习层次和目的，日本使领馆签发的签证类型可能包括4-1-16签证、4-1-16-3签证等。

在留卡：

这是日本入国管理局发给在日本中长期停留的外国人的证件，是合法居留的证明。

再入国许可：

如果需要暂时离开日本后返回，需要办理此许可。

延长居留期限许可：

如果居留期限到期，需要办理延长手续。

资格外活动许可：

如果需要从事签证类型不允许的活动，需要办理此许可。

国民健康保险证：

在日本居住期间必须加入的医疗保险证明。

语言能力证明：

根据申请的大学和课程要求，可能需要提供日语学时证明或日语水平考试证书（如JLPT N1、N5）。

其他相关证书：

根据申请的大学和课程，可能还需要提供其他相关证书，如高中毕业证书、成绩单、大学毕业证明、学位证明等。

请注意，以上信息可能会随着政策的变化而变化，建议在准备留学前，确认最新的签证和居留要求