清朝选择日本留学的原因主要包括以下几点：

留学成本较低：

相较于欧美，前往日本留学的费用较低，这对经济困难的清朝来说是一个重要考虑因素。

文化接近：

中日两国文化有较多相似之处，留学生更容易适应日本的生活和学习环境。

政治体制类似：

日本的政治体制与清朝相似，都是君主制，这为清朝政府放心让留学生去日本学习提供了便利。

科技水平迅速提升：

明治维新后，日本的教育和科技发展迅速，其科技成果对中国有借鉴意义。

地理位置优势：

日本与中国地理位置相近，办理留学手续较为简便快捷。

政府支持：

清政府支持留学日本，以期望留学生学成归来后能为朝廷所用，同时避免接触西方民主自由思想对皇权的威胁。

实用性：

留学生在日本主要学习实用性强的专业，如政治、军事、师范、医学等，以满足清朝政府的需求。

甲午战争后政策变化：

甲午战争后，清政府鼓励学生留学日本，以期望学习日本的现代化经验和技术。

这些因素综合作用，使得清朝政府支持并鼓励学生前往日本留学