留学中介缴纳增值税的方式如下：

确定纳税人身份

一般纳税人适用的增值税税率为6%。

小规模纳税人适用的增值税税率为3%。

计算应纳税额

增值税计算公式为：应纳税额 = 销售额 × 税率。

纳税申报

中介公司需要定期进行纳税申报，按时足额缴纳税款。

申报时需提供相关财务报表和业务合同等证明材料。

税收优惠政策

根据公司实际情况，可以申请税收优惠政策，如研发费用加计扣除等。

其他相关税费

除了增值税，中介公司还需按规定缴纳其他相关税费，如房产税、印花税等。

请根据您的具体情况，遵循相关税法规定，进行增值税的缴纳。