日本留学过海关时，您需要携带以下证件：

1. 护照：确保护照在有效期内，至少还有6个月的有效期。

2. 在留资格认定书：证明您是以何种签证进入日本的文件。

3. 入学许可证：证明您已被学校录取的文件。

4. 印章：在日本，个人印章在法律事务中具有重要效力，务必携带。

5. 资格外活动许可申请书（如有需要）：如果您打算在日本打工，则需要填写并提交此申请。

6. 疫苗接种证明：根据最新的政策，持有有效疫苗接种证明的旅客，前往日本之前不再需要做核酸检测。

7. 市、区役所住址登录证明：包含在留卡、护照、印章、在日本住所的具体地址和邮政编码。

8. 国民健康保险证明：证明您已购买国民健康保险。

请确保所有文件都是最新的，并且随身携带，不要托运。