日本留学生需要缴纳的税种主要包括：

所得税

留学生在日本境内的收入，如打工所得、奖学金、家庭赞助等，都需要缴纳所得税。

留学生每年有一定的免税额度，通常是38万日元。

如果年收入超过免税额度，需按税率缴纳税款，通常税率为20%。

消费税

在购买商品或接受服务时需要缴纳，税率为10%。

住民税

居住在日本的留学生需要缴纳，税率根据居住地区不同而有所差异。

留学生原则上需要缴纳住民税，可以通过在线缴纳或银行转账。

国民健康保险

留学生也需要缴纳，这是强制性的保险，不能免除。

保险费根据收入多少计算，并分成若干个月份按月缴纳。

其他可能的费用

年金、迟到早退扣款等。

需要注意的是，如果留学生为了支付学费和生活费而打工，通常不需要缴纳税金。此外，如果留学生在日本居住时间超过1年，并且收入在一定范围内，可能可以申请减免部分税金。