根据提供的信息，19世纪末至20世纪初，中国赴日本留学的人数显著增加。具体来看：

1896年，清政府开始派出第一批留日学生，共13人。

到了1900年，留日学生人数增加到100多人。

1902年，留学生人数为500多人。

1903年，留学生人数为1300多人。

1904年，留学生人数为2400多人。

1905年至1906年，留学生人数估计在10000人左右。

1906年，根据日本各学校调查数字汇总统计，清朝的留学生是7283人。

1907年，留学生人数为6797人。

1908年，留学生人数为5216人。

1909年，留学生人数为5266人。

1910年，留学生人数为3979人。

1911年，留学生人数为3328人。

从这些数据可以看出，在1896年至1911年间，中国赴日本留学的人数至少一万人以上。特别是在1905年至1906年间，留学生人数可能达到了10000人到20000人之间。因此，可以说，在20世纪初，日本清朝的留学生人数至少在一万人以上