清末时期，中国学生选择留学日本的原因主要包括以下几点：

地理位置：

日本与中国地理位置相近，往返方便，且无需签证，这大大降低了留学的门槛和成本。

费用较低：

相比于前往欧美留学，前往日本留学在路费、学费和生活费上更为经济。日本的教育费用相对较低，生活成本也较为便宜。

文化相近：

中日两国有着相似的文化传统和文字体系，这使得中国学生更容易适应日本的学习和生活环境。

政治因素：

明治维新后，日本迅速崛起成为亚洲强国，并在甲午战争和日俄战争中取得胜利，这些成就激发了中国人对日本政治制度和军事体系的兴趣。

教育制度：

日本的教育制度较为先进，尤其是在文法、军事、师范等学科方面，这些学科吸引了大量中国留学生。

政府政策：

清政府为了推进新政，积极提倡留学，并承诺留学归来者将给予官职和奖励，进一步鼓励了学生留学日本。

日本政府的吸引：

日本政府也希望通过吸引中国留学生来培植其在中国的势力，并为中国学生提供学习和生活上的支持。

社会认知：

当时社会普遍认为，通过日本这个中介可以更快地学习西方的先进知识和技术，以强化国力。

这些因素综合作用，促使大量中国学生在清末选择留学日本，这一时期也成为留学日本的高峰期