日本留学生回国的流程主要包括以下几个步骤：

核酸检测

在回国前3天内，在日本指定的检测机构进行PCR核酸检测，并取得阴性结果的纸质证明。

防疫健康码

在拿到核酸检测证明后，通过“防疫健康码国际版”微信小程序申报个人情况并上传阴性证明。

行前准备

确保所有必需文件齐全，包括护照、机票、在留卡、核酸证明和防疫健康码（绿码）。

机场流程

提前至少4小时到达机场，办理登机手续，包括办理登机牌和托运。

通过海关安检和出境审核，进入候机室等待登机。

到达国内机场

下飞机后进行落地核酸检测。

随身行李过安检，通过中国海关入境审核。

乘坐交通工具到达隔离酒店进行隔离。

其他注意事项

根据最新政策，行前检测简化为只需两次核酸检测。

确保签证在有效期内，如需延长签证请提前办理。

遵守隔离规定，通常为7天集中隔离医学观察加3天居家健康监测。

在回国前，结清所有学校、宿舍相关费用，并办理好国民健康保险的解约。

清理并归还所有租借的物品，避免产生不良信用记录。

以上步骤和注意事项可能根据疫情变化和具体政策有所调整，请在回国前再次确认最新的政策和要求。