日本留学签证申请拒签可能基于以下理由：

入国经历和不良的在留情况

有遣返经历

有强制驱逐经历

过去有不良的在留记录

未申报过去的入国经历

如果申请人没有申报过去的入国经历，这可能被视为不诚实，从而导致拒签。

申请内容的可信度

如果从申请人的经历来看，签证官认为申请内容不具有可信度，这也可能导致拒签。

对于有研修史的学生，归国后申请留学签证时，应详细说明研修时的所有材料和办理过程，以确保信息的透明和可信。