日本留学中介费用较高的情况可能由以下几个因素造成：

服务内容：

中介提供的服务内容不同，如材料准备、文书撰写、教授内诺辅导等，这些服务通常需要支付费用。

定价策略：

中介的定价往往取决于其定价技巧，可能会根据客户的反应（犹豫或爽快）来调整价格。

合作返佣：

一些日本语言学校与中介存在合作关系，中介可以从学生和学校两头获得收益，这种“双重获利”模式可能导致中介费用较高。

市场定位：

部分中介可能将自己定位为高端服务，因此收费较高。

行业惯例：

留学中介行业可能存在一定程度的费用虚高现象，中介费用往往高于其实际提供服务的价值。

额外费用：

除了中介服务费外，可能还有境外服务费等其他额外费用。

选择留学中介时，建议：

明确费用：签订合同前，明确了解所有服务内容和费用构成。

考察中介资质：查看中介的资质、口碑和成功案例。

个性化服务：选择能够提供个性化服务的机构，以满足个人需求。

服务保障：关注中介的服务保障，如退款政策等。

需要注意的是，并非所有日本留学申请都需要支付高额中介费。例如，申请语言学校通常是不需要支付中介费的，而且一些中介可能提供免费的申请服务。