国家取消公派硕士研究生项目的原因主要是优化资源配置。根据提供的信息，取消公派硕士研究生的初衷可能是将资源集中用于资助博士或更高学术阶段的留学生，以帮助他们取得更高的科研成就。2018年，国家留学基金委计划选派9500名攻读博士学位的研究生及高级研究学者，这表明国家更加重视对高级学位留学生的支持。

此外，取消公派硕士项目也意味着之前对攻读硕士学位研究生的学费资助被取消，生活费也失去了国家的资助，这对经济条件有限、想要去国外读硕士的学生来说，影响是巨大的。