日本留学需要准备的主要证件包括：

护照：

作为国际旅行的重要证件，必须确保护照有效期至少还有六个月。

签证：

根据学习层次和目的，可能需要不同类型的签证，如学生签证（4-1-16签证或4-1-16-3签证）。

在留卡：

这是日本入国管理局发给在日本中长期停留的外国人的证件，是合法居留的证明。

入学许可证：

由日本学校颁发，证明学生有权进入学校学习。

印章：

日本常用印章，用于签署文件等，通常使用直径13-16毫米的圆章。

身份证及复印件：

用于证明个人身份。

最高学历毕业证书及成绩单：

证明教育背景和学习成绩。

日语学习证明：

证明日语水平达到要求。

经济担保证明：

包括经费担保人的在职证明、收入证明和经费支付书等。

亲属关系公证：

部分情况下需要证明申请人与经费担保人的亲属关系。

其他可能需要的文件：

如银行存款证明、户口本复印件、照片等。

请根据具体情况准备相应的文件，并确保所有文件都是最新的和有效的。