在日本留学的中介费用通常包括以下几个部分：

申请院校费用：

包括学费定金和申请费，通常由中介代收代缴。

文书费用：

中介帮助撰写文书，费用因院校和专业不同而有所差异。

签证指导费用：

中介为学生准备签证材料并进行培训。

其他费用：

可能包括体检费、公证费、保险费、培训费等。

具体费用可能因机构、服务内容、申请学校和专业等因素有所不同。一般情况下，日本留学中介服务费大约在1万元人民币左右，而总费用可能因各种因素达到3万元至4万元人民币。

选择留学中介时，建议明确所有费用明细，警惕隐形收费，并比较不同机构的服务质量和价格，以找到最适合自己的留学方案