1. 农学专业

在农学专业里，日本唯一的农业会计研究设施位于农学部，专注于农业会计学和农家经济分析。此外，植物生殖设施在植物起源、分化、传播及远缘杂交等方面具有显著优势，并收集和保存遗传资源。由于这些贡献，它被国际遗传资源理事会认定为基本银行，并成为国际活动中心。

2. 海洋研究专业

东京大学于1967年在一艘大型海洋勘察船上建立了海洋研究所，持续进行海洋综合研究和勘察。后来，他们更是建造了一艘先进的船只，与美国财团合作，进行深海钻探及其他研究，包括重大海洋地壳构成、海底生态及资源开发等。此外，日本文部省多次拨款，组织东京大学等校参与南极的综合科学考察。

3. 宇航研究专业

东京大学的宇宙线研究所领导了日本的宇航研究工作。每年，日本政府都拨出数百亿日元用于设备制造和试验费用。目前，他们已经发射了14颗卫星和多颗运载火箭，进行极光观测、行星和地球磁场探测，还开展了天文物理及无人宇宙实验室的试验。

4. 癌研究专业

早在1983年，日本政府就提出了为期十年的癌研究计划，东京大学、东北大学及大阪大学等参与其中，并与美国相关研究机构合作，集中研究致癌原因、诊断方法和治疗途径。这项研究涉及生物化学、遗传学和核物理学等多个领域，东京大学的医学科学研究处于该项目的核心位置。