一、居留卡
向居留期间超过3个月的外国人发放“居留卡（RESIDENCE CARD)”。持卡人必须随身携带居留卡。此外，居留卡的记载内容发生变化及从就读教育机构转校或脱离学校时，应呈报地方入国管理局等。
手续流程
(1) 从成田机场、羽田机场、中部机场、关西机场入境
入国审查时，会发放居留卡。确定在日本的居住地后，持卡人在14天之内携带居留卡至居住地区的市区町村政府窗口办理登记手续。
(2) 从以上机场以外的入境
入国审查时，在护照上加盖“居留卡日后发放”的印章。入境者到居住地政府窗口办理登记手续后，居留卡会邮寄至登记的居住地址。
二、资格外活动许可
居留资格“留学”是为了在日本的学校接受教育的资格，不允许这种资格的学生打工。在打工时，须到地方入国管理局等取得“资格外活动许可”。同时，在研究生院、大学（本科）、短期大学、高等专门学校、专门学校毕业后以“特定活动”居留资格寻找工作时也可获得资格外活动许可。
三、办理临时回国手续
当在日本的外国人在居留期间临时回国或者到其他国家时，应在离开日本前到地方入国管理局等取得再入国许可；否则，需要到海外的日本驻外公馆重新取得签证，请加以注意。但是，持有效护照（Passport）以及居留卡的中长期居留者表明再入国意愿出境并在1 年内返回日本时，原则上没有必要在出境前办理再入国许可（１年内居留期限到期者以居留期限为准）。
四、居留期限更新
当超过入境时确定的居留期限继续停留时，应到地方入国管理局等申请居留期间更新许可（通常自期满前的 3个月左右开始受理）。如非法停留，将会受到处罚或者被强制遣送回国。
五、居留资格变更
当停止目前从事的活动，希望开展符合其他居留资格的活动时，应到地方入国管理局等取得居留资格的变更许可。如未获得许可而从事有收入的活动或有报酬的活动，将会受到处罚或者被强制遣送回国。
六、居留资格取消
如申请者对想要从事的活动及简历弄虚作假，或提交虚假资料等，其居留资格将被取消。
同时，如超过 3 个月未从事与目前所持有的居留资格相应的活动，除正当理由外，其居留资格也会被取消。
七、办理家属来日
由持有“留学”居留资格并在大学、短期大学、高等专门学校、专门学校等教育机构就读者抚养的配偶或子女可申请“家属滞在”的居留资格，可居住在日本。居留期限等同于抚养人的居留期限。建议留学生本人在习惯日本的生活并做好包括经济方面在内的各种准备后，再办理家属来日。
八、呈报入国管理局
姓名、出生年月日、性别、国籍·地区发生变化及因转校等就读机构发生变化时，应于变化之日起 14 日之内呈报地方入国管理局。

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