麦克马斯特大学(McMaster University)位于安大略省汉密尔顿市。McMaster生物工程学院有近90个教授，分布与学校内的计算机、生物化学、电子工程、医学物理和应用辐射科学等系内。研究方向包括生物材料和组织工程、生物医学成像、医疗机器人、生物光电、生物医学技术和生物处理。其中HuberteBruin 教授开发出了很多基于计算机的系统和技术来记录和分析生理信号。电子工程系的Aleksanar Jeremic，Alexanru Patriciu和Shahin Sirouspour教授在医疗机器人的研究方面也是非常有名的。

多伦多位于安大略省多伦多市。多伦多生物材料/医学工程所(IBMBE)成立于1962年，是加拿大的生物工程研究中处于领军地位。该所现有35个核心教授，250个研究生。
这个研究所是在应用科学与工程、牙科科学和医学院的基础上建立起来的。研究包括四大块：神经、感官系统和康复工程;生物材料、组织工程和再生工程;纳米技术、分子成像和系统生物学;临床工程。其中W.Chan教授是在异常细胞和组织的分子动力学分析方面做了非常深入的研究，是加拿大生物纳米技术研究主席。C.M. Yip教授在高分子构象方面的研究也颇有建树。

麦吉尔大学(McGill University)位于魁北克省蒙特利尔市。McGill的生物工程系是加拿大成立最早的生物工程系，在人造细胞、脑成像技术、细胞封装等领域都曾取得过辉煌的成就。依托于全加拿大排名第一的医学院，该生物工程系的很多研究是面向实际的临床需要的，这与很多设在工程院下的BME系有很大的不同。
该系现有30个Faculty,90个研究生，奖学金资源也比较丰富。研究方向包括信号、系统与建模;生物材料与组织工程;片上实验室与生物传感器;纳米粒子与纳米医药;人造系统和给药;神经成像;蛋白质组学以及个性化医药。Henrietta L. Galiana教授在生物信号处理方面的研究将对视觉控制和上臂控制很有意义。W. Robert J. Funnell教授在中耳修复方面也做了很多非常有益的工作。

阿尔伯塔大学位于加拿大阿尔伯塔省省会埃德蒙顿市中心。阿尔伯塔大学生物医学工程系比较小，共有7个核心Faculty,从事生物材料和组织工程、生物力学、低温生物学、牙科、功能电刺激、激光、磁共振成像、纳米技术和康复工程方面的研究。其中阿尔伯塔在康复工程和MRI方面的研究是比较有名的。特别是Sanjay Kalra教授在脑成像、认知损害和药物试验方面的研究被很多同行所推崇。阿尔伯塔生物医学工程系提供MSc项目。这是一个研究型的学位，需要做学位论文，一般需要2到3年才能毕业。学生都可以获得奖学金的支助。

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