在日本驻华使馆直接办理要200人民币，但是一般不受理。
要到代办机构代办，不同的代办机构收的费用也不一样，大概有300到400元。
使馆方面5天就完事了，但到代办处要花一点时间，一般2-3周就可以了。
具体的可以到日本驻华使馆的网站去查一下，写得很清楚。
如果是劳务输出的话，可能自己不能办理需要劳务输出的中介公司，自己小心点，别被骗了

日本过境签证的费用是多少

一、日本个人旅游签证所需材料：
1、护照。
2、签证申请表（需要粘贴本人照片4.5*4.5）。
3、个人信息处理同意书。
4、户口本等，能确认本人居住地的资料。
5、能确认经济能力的资料：
a、国际信用卡（含银联卡）金卡级别以上能确认该卡有效的资料。
b、在职证明（包括职位，在职期间，工资金额（年收入）等）以及能确认年收入的资料（银行流水（最近六个月）等）。
c、能确认资产形成的资料（退休金证明，房产证明，股票交割单等）。
6、户口本或者亲属关系公证书。
7、大学出具的在学证明书或毕业证书。
8、其它相关资料（要求追加的资料等）。
二、日本个人旅游签证所需费用：
1、单次签证200元（访问冲绳县或者访问东北三县（岩手县、福岛县、宫城县）中的任何一县，免收签证费）。
2、多次签证400元（留宿在冲绳县或者访问东北六县中的东北三县（岩手县、福岛县、宫城县）任何一县，免收签证费）。
注：以上为日本国驻华大使馆收取的签证费，日本国驻华大使馆指定旅行社收取签证代办手续费（包括往返机票及住宿饭店费用等）不包括在内。没发放签证时，不收取签证费。