港澳通行证和签注都是去香港、澳门的的证件和流程，它们的区别主要是类型等不同，具体的区别是：
1、港澳通行证是大陆人民去香港澳门所必须办理的证件，而签注是对港澳通行证是否可以通关的审批。
2、有港澳通行证没有签注是不能去往香港和澳门的，而签注不仅仅指的是给港澳通行证，在护照等方面也需要签注审批的。
3、签注指的是在证件表册上批注意见或有关事项。而港澳通行证只是一种证件。



扩展资料：
内地居民往来港澳签注分为6个种类，即分为个人旅游（G）、探亲（T）、商务（S）、团队旅游（L）、其他（Q）、逗留（D）根据申请事由分类签发。其中香港G签和L签的有效期都为：3个月1次、3个月2次、1年1次、1年2次四种有效签注。澳门签注只有3个月1次、1年1次申请。签注规定每次在香港或者澳门逗留不超过7天，一进一出算一次。

以1年1次为例，不是表示1年内只能去1次，而是指该签注的有效期为1年，在1年以内往返过港澳后，还可以再次申请签注，申请次数没有限制。如果1年内不去，则该签注过期无效，可再次申请。
参考资料来源：搜狗百科——签注
参考资料来源：搜狗百科——港澳通行证