签证过期了，你可以先找大使馆周边的旅行社帮你办理延期，办理延期时罚款是一定要交的，签证过期1到2个月之内的，罚款大约几百；签证过期一年以上的，估计是3000左右，但都不贵。这样拿到到护照后你就能回国， 并且也不会影响你以后再去菲律宾。
如果你不准备再去菲律宾了， 可以直接飞回国， 应该是没有罚款的， 但是不能再顺利回到菲律宾， 而且签证过期的纪录可能会影响你以后出国。