2009年1月，香港大学教授再度荣获国家级科学技术奖项。香港大学三位教授与内地合作的两个研究项目分别获颁一等奖及二等奖。由香港大学宇教授和王继德博士联同中国人民解放军十三名医学科研人员组成的研究团队，荣获国家科技进步奖一等奖，得奖项目为“对胃癌恶性表型相关分子群的发现及其序贯预防策略的建立和应用”。另外，香港大学土木工程系讲座教授方汉平和华南理工大学和中石化机构合作共同研究开发的得奖项目“含氮有机废水生物脱氮新技术与工程化应用”，获颁发国家科技进步奖二等奖。除了此项二等奖外，方教授的研究屡获奖项，包括裘槎基金会的优秀科研者奖、香港大学杰出研究学者奖及杰出研究生导师奖。

2008年1月，港大莫毅明教授经内地专家推荐获国家自然科学奖。港大数学系讲座教授莫毅明，以《关于对称与齐次空间的复几何》研究项目，经内地权威专家推荐，获国家颁发2007年度国家自然科学奖二等奖，为全国数学学科仅有的两项获奖项之一。

2007年2月，香港大学支志明教授：香港首位科学家荣获国家自然科学家科学一等奖。支教授以其“金属配合物中多重键的反应性研究”项目，成为香港自1989年参加国家自然科学奖推荐以来，首位获得一等奖这个最高级别奖项的香港科学家。

2006年1月，港大外科学系讲座教授范上达教授及其领导的肝移植组以其突破性的“成人右叶活体肝移植”技术，获颁国家科学技术进步奖一等奖，这也是首次有香港学者获颁国家科学技术奖一等奖。

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